インボイス制度（適格請求書等保存方式）は2023年10月に始まり、売上1,000万円以下の免税事業者にとって「登録するかどうか」が悩みどころになりました。判断のカギは取引先が課税事業者か一般消費者か。さらに、登録した人の負担を抑える2割特例が2026年9月で終了し、その後に個人事業主向けの3割特例（2027〜2028年）が用意されるなど、経過措置は段階的に変わります。この記事では、判断基準・消費税の計算・経過措置の最新スケジュールを、具体例つきで整理します。
インボイス制度の要点
消費税の納税額は「売上で預かった消費税 − 仕入れで支払った消費税（仕入税額控除）」で計算します。2023年10月以降、この仕入税額控除を受けるには、原則として適格請求書（インボイス）の保存が必要になりました。インボイスを発行できるのは、税務署に登録した適格請求書発行事業者だけです。
売上1,000万円以下で消費税の納税義務がない免税事業者は、そのままではインボイスを発行できません。発行するには登録が必要で、登録すると消費税の申告・納税義務が生じます。ここが最大の判断ポイントです。
未登録だと相手はどうなる？（経過措置で当面は段階緩和）
「免税事業者から仕入れると相手はまったく控除できない」と誤解されがちですが、実際は経過措置があり、段階的に縮小していきます。
| 期間 | 免税事業者等からの仕入れの控除 |
|---|---|
| 2023年10月〜2026年9月 | 支払った消費税の80%を控除できる |
| 2026年10月〜2029年9月 | 支払った消費税の50%を控除できる |
| 2029年10月〜 | 控除できない（全額が相手の負担増） |
つまり発注側の負担増は当面は一部にとどまり、年々大きくなっていきます。これが「登録してほしい」という交渉圧力の背景です。
免税事業者であることを理由にした一方的な代金の引き下げや取引停止は、独占禁止法（優越的地位の濫用）や下請法上の問題となるおそれがあります。公正取引委員会が考え方を示しています。登録は任意であり、強制されるものではありません。
登録すべきか・しなくてよいか
登録を検討した方がよい
- 取引先がほぼ課税事業者（BtoB主体）
- 大手企業・官公庁との取引がある
- 売上が1,000万円に近い／超えそう
- 登録の有無で受注に差が出る業種
登録しなくてよいことが多い
- 取引先が主に一般消費者（BtoC主体）
- 取引先も免税事業者・簡易課税
- 未登録のまま取引継続で合意できている
美容室・料理教室・ハンドメイド販売・士業の対個人サービスなど、一般消費者が相手ならインボイスを求められないため、未登録のままでも実害は小さいことが多いです。
登録した場合の消費税の計算（3つの方法）
課税事業者になると、消費税の計算方法は次の3つから選べます（要件あり）。
- 原則課税：売上消費税 − 実際の仕入消費税。仕入れが多い業種で有利だが、帳簿・インボイス管理が必要。
- 簡易課税：売上消費税 ×（1 − みなし仕入率）。基準期間の課税売上5,000万円以下で、事前届出が必要。
- 2割特例：売上消費税 × 20%。免税から登録した人の負担軽減措置（後述・期限あり）。
簡易課税のみなし仕入率（業種別）
卸売業（第一種）
90%
小売業（第二種）
80%
製造業等（第三種）
70%
飲食店等（第四種）
60%
サービス業等（第五種）
50%
不動産業（第六種）
40%
簡易課税（みなし50%）：10万円 ×（1 − 50%）＝ 5万円
2割特例：10万円 × 20% ＝ 2万円
経過措置のスケジュール（2割特例・3割特例・少額特例）
免税事業者からインボイス登録した小規模事業者は、納税額を「売上消費税の2割」にできます。適用は2023年10月1日〜2026年9月30日を含む課税期間まで。個人事業主は2026年分（2027年に行う申告）までが対象です。
2026年度の税制改正で、2割特例の終了後に個人事業主を対象とした「3割特例」（納税額を売上消費税の3割とする）が、2027年・2028年分の2年間設けられる予定です。新しい措置のため、適用要件の詳細は国税庁の最新情報で確認してください。
税込1万円未満の課税仕入れは、インボイスの保存がなくても帳簿の保存だけで仕入税額控除ができます。期間は2023年10月1日〜2029年9月30日。対象は基準期間の課税売上1億円以下（または特定期間5,000万円以下）の事業者です。
2割特例が終わったらどうする？
2割特例の終了後は、簡易課税か原則課税（個人は当面3割特例も）から選びます。サービス業など仕入れの少ない業種は、簡易課税（第五種なら実質50%控除）が有利なことが多いです。簡易課税には事前の届出が必要で、適用したい課税期間が始まる前までに提出するのが原則のため、切り替えの年は届出の期限に注意しましょう。
よくある質問
取引先が個人だけなら登録は不要？
一般消費者はインボイスを必要としないため、BtoC中心なら未登録でも影響は小さいことが多いです。取引先に課税事業者が含まれるかで判断します。
登録すると必ず消費税を納める？
はい。登録すると課税事業者になり、消費税の申告・納税義務が生じます。納税額は原則課税・簡易課税・2割特例（期限あり）から選べます。
2割特例はいつまで？終わったら？
2026年9月30日を含む課税期間まで（個人は2026年分の申告まで）です。その後は簡易課税・原則課税に移行し、個人事業主は2027〜2028年の3割特例も選択肢になる予定です。
未登録を理由に値下げを求められたら？
一方的な代金引き下げや取引停止は、独占禁止法・下請法上の問題となるおそれがあります。公正取引委員会の考え方を確認し、必要に応じて相談窓口の利用も検討しましょう。登録はあくまで任意です。
まとめ
参考リンク（出典）
本記事は次の公的機関の資料をもとに作成しています（中立・一次情報）。経過措置・特例は改正されるため、最新の内容を必ず国税庁でご確認ください。
- 国税庁 インボイス制度（適格請求書等保存方式）の概要
- 国税庁 2割特例（小規模事業者に対する負担軽減措置）の概要
- 国税庁 No.6501 納税義務の免除
- 国税庁 No.6505 簡易課税制度
- 公正取引委員会 インボイス制度と独占禁止法等の考え方
※本記事は一般的な情報提供であり、税務アドバイスではありません。登録の要否や課税方式の選択は、税務署・税理士にご相談ください。