인보이스 제도(적격청구서 등 보존방식)는 2023년 10월에 시작되었고, 매출 1,000만 엔 이하의 면세사업자에게는 '등록할지 여부'가 고민거리가 되었습니다. 판단의 열쇠는 거래처가 과세사업자인지 일반 소비자인지입니다. 나아가 등록한 사람의 부담을 줄여 주는 2할 특례가 2026년 9월에 종료되고, 그 후에는 개인사업자용 3할 특례(2027〜2028년)가 마련되는 등 경과조치는 단계적으로 바뀝니다. 이 글에서는 판단 기준·소비세 계산·경과조치의 최신 일정을 구체적인 예와 함께 정리합니다.
인보이스 제도의 요점
소비세 납부액은 '매출에서 받은 소비세 − 매입에서 지급한 소비세(매입세액공제)'로 계산합니다. 2023년 10월 이후 이 매입세액공제를 받으려면 원칙적으로 적격청구서(인보이스)의 보존이 필요해졌습니다. 인보이스를 발행할 수 있는 것은 세무서에 등록한 적격청구서 발행사업자뿐입니다［국세청 인보이스 개요（일본어）］.
매출 1,000만 엔 이하로 소비세 납세 의무가 없는 면세사업자는 그대로는 인보이스를 발행할 수 없습니다. 발행하려면 등록이 필요하고, 등록하면 소비세의 신고·납세 의무가 생깁니다. 여기가 가장 큰 판단 포인트입니다.
미등록이면 상대방은 어떻게 되나?（경과조치로 당분간 단계적 완화）
'면세사업자로부터 매입하면 상대방은 전혀 공제할 수 없다'고 오해하기 쉽지만, 실제로는 경과조치가 있어 단계적으로 축소됩니다.
| 기간 | 면세사업자 등으로부터의 매입에 대한 공제 |
|---|---|
| 2023년 10월〜2026년 9월 | 지급한 소비세의 80%를 공제할 수 있음 |
| 2026년 10월〜2029년 9월 | 지급한 소비세의 50%를 공제할 수 있음 |
| 2029년 10월〜 | 공제 불가（전액이 상대방의 부담 증가） |
즉 발주 측의 부담 증가는 당분간 일부에 그치며, 해마다 커져 갑니다. 이것이 '등록해 달라'는 교섭 압력의 배경입니다.
면세사업자라는 이유로 한 일방적인 대금 인하나 거래 중단은 독점금지법(우월적 지위의 남용)이나 하도급법상의 문제가 될 우려가 있습니다. 공정거래위원회가 견해를 제시하고 있습니다［공정거래위원회（일본어）］. 등록은 어디까지나 임의이며 강제되는 것이 아닙니다.
등록해야 할지·하지 않아도 될지
등록을 검토하는 편이 좋음
- 거래처가 거의 과세사업자（BtoB 중심）
- 대기업·관공서와의 거래가 있음
- 매출이 1,000만 엔에 가깝다／넘을 것 같음
- 등록 유무로 수주에 차이가 나는 업종
등록하지 않아도 되는 경우가 많음
- 거래처가 주로 일반 소비자（BtoC 중심）
- 거래처도 면세사업자·간이과세
- 미등록인 채로 거래 계속에 합의가 되어 있음
미용실·요리교실·핸드메이드 판매·전문직의 대개인 서비스 등 일반 소비자가 상대라면 인보이스를 요구받지 않으므로, 미등록인 채로도 실제 피해는 작은 경우가 많습니다.
등록한 경우 소비세의 계산（세 가지 방법）
과세사업자가 되면 소비세 계산 방법을 다음 세 가지 중에서 선택할 수 있습니다（요건 있음）.
- 원칙과세：매출 소비세 − 실제 매입 소비세. 매입이 많은 업종에서 유리하지만 장부·인보이스 관리가 필요.
- 간이과세：매출 소비세 ×（1 − 간주 매입률）. 기준기간의 과세매출 5,000만 엔 이하이며 사전 신고가 필요.
- 2할 특례：매출 소비세 × 20%. 면세에서 등록한 사람의 부담 경감 조치（후술・기한 있음）.
간이과세의 간주 매입률（업종별）
도매업（제1종）
90%
소매업（제2종）
80%
제조업 등（제3종）
70%
음식점 등（제4종）
60%
서비스업 등（제5종）
50%
부동산업（제6종）
40%
간이과세（간주 50%）：10만 엔 ×（1 − 50%）＝ 5만 엔
2할 특례：10만 엔 × 20% ＝ 2만 엔
경과조치의 일정（2할 특례・3할 특례・소액 특례）
면세사업자에서 인보이스 등록을 한 소규모 사업자는 납부액을 '매출 소비세의 2할'로 할 수 있습니다. 적용은 2023년 10월 1일〜2026년 9월 30일을 포함하는 과세기간까지입니다. 개인사업자는 2026년분(2027년에 하는 신고)까지가 대상입니다.
2026년도 세제개정으로, 2할 특례 종료 후에 개인사업자를 대상으로 하는 '3할 특례'（납부액을 매출 소비세의 3할로 하는 것）가 2027년·2028년분의 2년간 마련될 예정입니다. 새로운 조치이므로 적용 요건의 세부 사항은 국세청의 최신 정보로 확인하세요.
세금 포함 1만 엔 미만의 과세 매입은 인보이스 보존이 없어도 장부 보존만으로 매입세액공제를 할 수 있습니다. 기간은 2023년 10월 1일〜2029년 9월 30일. 대상은 기준기간의 과세매출 1억 엔 이하（또는 특정기간 5,000만 엔 이하）의 사업자입니다.
2할 특례가 끝나면 어떻게 할까?
2할 특례 종료 후에는 간이과세나 원칙과세（개인은 당분간 3할 특례도）에서 선택합니다. 서비스업 등 매입이 적은 업종은 간이과세（제5종이라면 실질 50% 공제）가 유리한 경우가 많습니다［국세청 No.6505（일본어）］. 간이과세는 사전 신고가 필요하고, 적용하려는 과세기간이 시작되기 전까지 제출하는 것이 원칙이므로, 전환하는 해에는 신고 기한에 주의합시다.
자주 묻는 질문
거래처가 개인뿐이면 등록은 불필요한가요?
일반 소비자는 인보이스를 필요로 하지 않으므로, BtoC 중심이라면 미등록이라도 영향이 작은 경우가 많습니다. 거래처에 과세사업자가 포함되어 있는지로 판단합니다.
등록하면 반드시 소비세를 내나요?
네. 등록하면 과세사업자가 되어 소비세의 신고·납세 의무가 생깁니다. 납부액은 원칙과세·간이과세·2할 특례（기한 있음）에서 선택할 수 있습니다.
2할 특례는 언제까지인가요? 끝나면?
2026년 9월 30일을 포함하는 과세기간까지（개인은 2026년분 신고까지）입니다. 그 후에는 간이과세·원칙과세로 이행하고, 개인사업자는 2027〜2028년의 3할 특례도 선택지가 될 예정입니다.
미등록을 이유로 단가 인하를 요구받으면?
일방적인 대금 인하나 거래 중단은 독점금지법·하도급법상의 문제가 될 우려가 있습니다. 공정거래위원회의 견해를 확인하고, 필요에 따라 상담 창구 이용도 검토합시다. 등록은 어디까지나 임의입니다.
정리
참고 링크（출처）
본 기사는 다음 공적 기관의 자료를 바탕으로 작성했습니다（중립・일차 정보）. 경과조치·특례는 개정되므로 최신 내용을 반드시 국세청에서 확인하세요.
- 국세청 인보이스 제도（적격청구서 등 보존방식）의 개요（일본어）
- 국세청 2할 특례（소규모 사업자에 대한 부담 경감 조치）의 개요（일본어）
- 국세청 No.6501 납세 의무의 면제（일본어）
- 국세청 No.6505 간이과세 제도（일본어）
- 공정거래위원회 인보이스 제도와 독점금지법 등에 관한 견해（일본어）
※본 기사는 일반적인 정보 제공이며 세무 조언이 아닙니다. 등록의 필요 여부나 과세 방식의 선택은 세무서·세리사에게 상담하세요.